Untuk mendukung mahasiswa terkait dengan studinya, Departemen Teknik Industri Universitas Atma Jaya Yogyakarta memfasilitasi studi mahasiswa dengan laboratorium. Teknik Industri UAJY memiliki beberapa laboratorium yang dapat dimanfaatkan oleh mahasiswa, di antaranya yaitu (1) Laboratorium Dasar Teknik, (2) Laboratorium Teknologi Manufaktur, (3) Laboratorium Retail, (4) Laboratorium Sistem Kerja dan Egonomi, (5) Laboratorium Sistem Bisnis & Decision Support, (6) Laboratorium Otomasi, (7) Laboratorium Modeling & Optimisasi, dan (8) Laboratorium Sistem Produksi.
Laboratorium Dasar Teknik mendukung kegiatan praktikum terkait product development, dari pemilihan material, desain produk, hingga peninjauan aspek fisik dari produk yang telah didesain, seperti aspek mekanis. Laboratorium ini menyediakan peralatan yang dibutuhkan untuk melakukan uji material. Laboratorium Dasar Teknik juga dilengkapi dengan software Computer-Aided Design untuk mendukung desain produk.
(2) Laboratorium Teknologi Manufaktur
Laboratorium Teknologi Manufaktur mendukung kegiatan-kegiatan terkait teknologi dalam suatu proses manufaktur untuk merealisasikan desain produk yang telah dilakukan sebelumnya secara efisien dari segi penggunaan material, waktu, manusia, dan biaya. Laboratorium ini memiliki peralatan-peralatan seperti mesin CNC 3 Axis YCM 1020EV dan Professional 3D Printing Machine.
Laboratorium Retail mendukungg kegiatan-kegiatan terkait pengelolaan retail, dimana retail sendiri memainkan peran yang penting dalam supply chain terkait bagaimana suatu produk sampai ke tangan konsumen. Di laboratorium ini, mahasiswa dapat melakukan praktek secara langsung bagaimana mengelola suatu retail, termasuk Retail Strategy Mix yang meliputi: Determination of Product Assortment, Category Management, Pricing, Space Management and Planogram, Promotion, dan Development of Computer-based Information Systems untuk mendukung kegiatan retail.
(4) Laboratorium Sistem Kerja dan Ergonomi
Laboratorium Sistem Kerja dan Ergonomi mendukung kegiatan-kegiatan terkait desain sistem kerja dan interaksi manusia dan mesin. Laboratorium ini menyediakan peralatan seperti alat ukur antropometri, ruang kerja, ruang kondisi, dan eye tracker. Laboratorium ini juga dilengkapi dengan software CATIA untuk mendukung desain berbasis ergonomi.
(5) Laboratorium Business Systems & Decision Support
Laboratorium ini mendukung kegiatan terkait desain sistem bisnis, termasuk desain proses bisnis, desain sistem informasi berbasis komputer, desain supply chain seperti supply chain network. Laboratorium ini juga menyediakan teknik-teknik untuk melakukan data mining dan memproses ke support decision-making. Laboratorium ini juga dilengkapi dengan software-software yang mendukung business process modeling, pengembangan sistem informasi berbasis komputer, dan data mining.
Laboratorium Otomasi mendukung kegiatan-kegiatan terkait desain otomasi dalam industri. Laboratorium ini dilengkapi dengan peralatan-peralatan seperti Programmable Logic Controller (PLC), Module robotik dan komputer, Electronic Process Controller, dan Supervisory Control and Data Acquisition (SCADA).
(7) Laboratorium Modeling dan Optimisasi
Laboratorium ini mendukung kegiatan terkait penggunaan teknik kuantitatif untuk menyelesaikan permasalahan industri. Laboratorium ini dilengkapi dengan software optimisasi seperti Lindo, Microsoft Excel, dan software simulasi.
(8) Laboratorium Sistem Produksi
Laboratorium ini mendukung kegiatan perencanaan dan pengendalian produksi. Laboratorium ini dilengkapi dengan peralatan untuk mensimulasikan proses riil dalam sistem produksi, seperti membuat Bill of Material, forecasting, menyusun part-part assembly, dan sebagainya. Laboratorium ini juga mendukung integrasi antara perencanaan produksi dengan pengadaan, produksi, dan sales and distribution dengan software SAP dari SAP Edugate.